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【第2回】暇なので分子モデルを淡々とあげてく。解説もあるよ!

2015年09月10日:17:00

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コメント( 7 )

1: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:46:22.378 ID:nz11AgTA0.net
この前やったスレ
http://world-fusigi.net/archives/8137635.html

こんな感じでだらだらやっていくのでよかったら適当に化合物言ってってください。
のんびり上げます。
no title

no title






2: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:46:51.584 ID:csNr3Ytzd.net
なんだこれ

8: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:55:13.051 ID:nz11AgTA0.net
>>2
前スレでも書いたけど>>1にあるのは黄色ブドウ球菌(Staphylococcus aureus)の溶血毒素のαヘモリシンね。
これが赤血球に刺さると赤血球が割れるという・・・。

3: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:48:16.216 ID:IIbTkvRQ0.net
ニコチンアミドアデニンジヌクレオチドリンサン

7: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:54:04.467 ID:nz11AgTA0.net
>>3
NADP
no title

有名な還元物質。
高校だと光合成のときに活性化クロロフィルaから水素イオンを受け取る役目として習う。
動物でも解糖系でこれが水素イオンを運ぶぞい。

4: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:48:28.926 ID:VnkFvY7Y0.net
シアン酸アンモニウム

9: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:58:15.402 ID:nz11AgTA0.net
>>4
NH4OCN
まぁ分子の構造にするまでもないからこのままで・・・。
歴史的な意味合いとして重要な化合物としか知らない。
有機化合物ってのは名前の通り、生物が作り出すものを昔は有機化合物と呼んでいて、
逆を言えば生物でなければ有機化合物は作れないと思われていた時代があった。
しかし、昔の科学者のフリードリヒ・ヴェーラーがこのシアン酸アンモニウムから尿素(有機化合物)を作り出したことで
新たな世界が始まったってわけ。

5: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:49:34.212 ID:nz11AgTA0.net
スクロース
no title

グルコースとフルクトースがグリコシド結合した糖。
つまりお砂糖。
こいつが虫歯の原因になる。
また糖尿病や肥満の原因にもなるが、取らなすぎるのも問題なのでほどほどに。

11: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 01:59:13.664 ID:mgBZ4gn3a.net
6,6-ナイロン

14: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:06:12.233 ID:nz11AgTA0.net
>>11
ごめん高分子はタンパク質以外は時間かかって厳しいわ。

ナイロン66
は、アジピン酸とヘキサメチレンジアミンがアミド結合してできてる繊維ね。

16: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:13:23.520 ID:nz11AgTA0.net
>>11

6,6-ナイロン
no title

12: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:01:18.942 ID:nz11AgTA0.net
ルシフェリン
no title

ホタルなんかで有名な光る化合物。
これにATPを加えてやると反応してあのホタルの光を発する。
ホタルを見に行きたい夏だった。

13: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:02:16.469 ID:VnkFvY7Y0.net
ポリアクリル酸ナトリウム

15: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:08:37.170 ID:nz11AgTA0.net
>>13
上に同じく
なんでみんなそんなポリマー好きなん

ポリアクリル酸ナトリウム
これと言ったらオムツだな。
水をめっちゃ吸うCMでよくやってるアレ。生理用品とか。
あとうちにある消臭剤はこれのツブなんだが、これをつかった・・・これ以上はやめておこう。

18: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:18:59.805 ID:nz11AgTA0.net
>>13
ポリアクリル酸(ナトリウム)
no title

17: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:16:58.696 ID:mgBZ4gn3a.net
作ってくれたのか!

19: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:19:34.909 ID:nz11AgTA0.net
>>17
おういえ
落ちなくてよかったぜ

20: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:20:39.755 ID:Q4qXHNyG0.net
PGA

23: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:30:56.100 ID:nz11AgTA0.net
>>20
PGA
おいポリマーじゃねーかw

外科手術用に使うやつね。
抜糸の必要がないというメリットがあるぞ。

26: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:33:52.600 ID:nz11AgTA0.net
>>20
PGA
no title

21: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:21:37.359 ID:hySwtok20.net
すげーなおい

22: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:25:38.328 ID:nz11AgTA0.net
アミロース
no title

no title

アミロペクチン
no title

でんぷんは2種類に分けられる。
アミロースとアミロペクチンである。
そのうちのアミロースはこれ。

直線状になっているのが分かると思う。
対してアミロペクチンは枝分かれ状。

もち米はアミロペクチンが100%でとても粘り気がある。
これはアミロペクチンの網目状構造のため。
対してうるち米なんかはアミロースが20%程度含まれている。

24: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:31:16.886 ID:mgBZ4gn3a.net
シクロパラフェニレン

27: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:36:14.217 ID:nz11AgTA0.net
>>24
作るからちょっと待ってくれい

30: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:42:01.218 ID:nz11AgTA0.net
>>24
シクロパラフェニレン
no title

ベンゼン環がキャンプファイアーを囲んで手を繋ぐようにパラ位で結合。
電子工学分野での活躍が期待されているらしい。
詳しくは謎。

31: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:43:06.388 ID:mgBZ4gn3a.net
>>30
カッコいい

25: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:33:27.416 ID:B6boJnpO0.net
これ何で作ってるの?

27: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:36:14.217 ID:nz11AgTA0.net
>>25
基本的に低分子はchemspiderからデータとってきてタンパク質はPDBから。
chemsketchとかdiscovery studioとかpymolとかqutemolとかで臨機応変に使っておる。

28: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:37:30.209 ID:B6boJnpO0.net
へえそういうものがあるのか…

29: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:38:33.262 ID:VnkFvY7Y0.net
pdb見てたら酔って来たw

32: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:44:15.993 ID:VnkFvY7Y0.net
なんだこのベンゼンキャタピラw

33: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:46:53.848 ID:nz11AgTA0.net
デングウイルス(カプシド)
no title

フラビウイルス属のデングウイルスのカプシド(つまりタンパク質の殻)だぞ。
去年代々木公園で感染が見つかったことから日本中の公園を恐怖に陥れたぞう。
蚊を媒介して広がる。

34: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:49:33.049 ID:mgBZ4gn3a.net
ウイルスも分子なのか

36: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:55:10.446 ID:nz11AgTA0.net
>>34
ですな。

ウイルスってのはカプシド(タンパク質)と核酸(RNAとかDNA)だけで成立しちゃうんだよね。
(それ以外にもウイルスが持つ酵素とかエンベロープとかあるけど話すときりがない)
だから物質に近いと言える。

35: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:53:03.824 ID:nz11AgTA0.net
バクテリオファージφX174(カプシド)
no title

またまたウイルスのカプシド。
こいつはヒトに感染するのではなく、突起を大腸菌Escherichia coliに刺して感染する。
ウイルスってのはそれ自身では増殖できなくって、宿主の増殖する能力を利用することでやっと増えることができる。
またウイルスは代謝がないのでウイルスは物質に近い。
事実、ウイルスは結晶になるし、その結晶から解き放てたれればまた感染することができる。

37: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 02:57:04.469 ID:B6boJnpO0.net
バクテリオファージとT2ファージの違いが判りません
ということでT2ファージ

39: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:02:33.287 ID:nz11AgTA0.net
>>37
似たようなもんよ。
あんなでかいカプシドはPDBにはパーツでしか乗ってないのでパスさせてもらいますお。
いつか組み立ててみたいもんだが。

40: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:03:10.090 ID:B6boJnpO0.net
>>39
すまんね

38: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:01:35.810 ID:nz11AgTA0.net
尿素
no title

哺乳類だとか爬虫類だとかの尿に含まれる。
動物は生きてるとどうしても毒素(アンモニア)生じてしまう。
ので、それをどういう形で出すかということで色々進化してきた。
魚類や軟体動物やオタマジャクシなんかはそのまま水中なんで垂れ流し。
でも陸生動物のカエルや哺乳類、爬虫類なんかは身体の中に尿をある程度まで貯められるよう
アンモニアから尿素という比較的安全な形にしている。
ずっと垂れ流ししてると敵に発見されやすいからと聞いたことがある。
鳥類なんかは尿酸という水に溶かさなくても排泄でいる固体の形にしてる。
化粧水の中に尿素が入っていることがあるけどこれは水分子を引きつけるから、な。
ばっちくないぞ。

42: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:07:57.915 ID:nz11AgTA0.net
リドカイン
no title

麻酔薬だお。
アミド型局所麻酔薬という分類。
結構何にでも使えて、浸潤麻酔や伝達麻酔はもとより表面麻酔、硬膜外麻酔、脊椎麻酔に使えるぞ。
これの作用機序はナトリウムチャネルを細胞内から阻害するというもの。
解離型と非解離型とがあって、非解離型のときに細胞膜を通過し、解離型になるとナトリウムチャネルと親和性がでてくる。
アドレナリンと併用することで効果大。作用時間大。中毒が減るぞう。

43: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:14:56.452 ID:nz11AgTA0.net
LSD
no title

麦角菌由来のアルカロイド。
麦角は昔から子宮収縮促進の目的で使われていて、その研究の過程で誕生したお。
LSDはつまり幻覚をみちゃういけないお薬だな。
セロトニンと構造が似てるのでそんな効果があると考えられているぞい。

44: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:20:15.673 ID:mgBZ4gn3a.net
薬系おもしろい

46: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:23:24.043 ID:nz11AgTA0.net
>>44
俺もそう思う

45: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:21:48.939 ID:nz11AgTA0.net
ドデカヘドラン
no title

no title

ドデカというのは12という意味。つまり正12面体の分子ということ。
前に分子模型で俺が作ったやつも乗っけてある。
分子模型で組むとわかるが結構組みやすい。少なくともキュバンよりかは大分。
つまり、あまりひずみがなくて安定なんじゃないかなという分子。
何に使われるかは謎。

47: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:28:05.965 ID:nz11AgTA0.net
マイトマイシンC
no title

MMCは抗がん剤。
細胞周期におけるG1期後期~S期にDNAのアデノシンとグアノシンに架橋構造を作ってしまう。
こうすることでDNAがロックされて分裂ができなくなってしまう。
癌細胞なんかは無秩序にドンドン分裂する細胞だから増殖を抑えられるというわけ。

48: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:33:55.031 ID:nz11AgTA0.net
アクアポリン
no title

水分子を通す細胞膜上に存在するチャネル
現在おそらくAQP0~13までがあるはず。
これの発見は2003年のノーベル賞にもなってる。
AQPは水分子を受動輸送、つまりエネルギー物質であるATPを用いることなく細胞内外の水分子やり取りを行う。
これは尿崩症だとか緑内障、ドライアイ、ドライマウスなどに深く関与していると考えられている。
中央にある穴を水分子が通るのではなく、まわりの4つの御団子のそれぞれの中央の穴に水分子が行列を成して出入りする。

49: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:40:04.165 ID:nz11AgTA0.net
イノシン酸
no title

きのことか肉のうま味成分。
核酸由来だったはず。
まぁグルタミン酸と同じようにうま味をつかさどるぞい。

52: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:46:13.434 ID:6Ar9PIMA0.net
む、難しいよぅ…

55: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:48:39.632 ID:nz11AgTA0.net
>>52
難しいところはスルーしておくれ。
というかもっと優しく書くわ。

53: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:46:28.224 ID:nz11AgTA0.net
EDTA
no title

金属イオンなんかと錯体作ったりするぞい。
キレート剤だな。
歯医者とかだとこれを根管拡張剤として根の治療をするときとかに使うぞう。

56: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:52:28.750 ID:nz11AgTA0.net
ズルチン
no title

名前がとても卑猥。
しかもズルチンは甘いので男子諸君はズルチンあま~いと誰かに言わせてみたいのではないだろうか。
お砂糖の250倍もの甘さがあるという。
しかしこのズルチン、発がん性や肝臓への悪影響で今は出回っていない。

57: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:55:09.449 ID:nz11AgTA0.net
ナノプシャン
no title

どこかの化学者が作ったヒト型分子。
色々なシリーズがあるので探してみては。

60: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:09:04.034 ID:mgBZ4gn3a.net
>>57
ワロタ

58: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 03:59:25.375 ID:nz11AgTA0.net
IgM
no title

色々な抗体がある中でIgMはとても原始的な抗体。
魚はこれしか持ってない。
異物(抗原)とのファーストコンタクトをする抗体はこれ。
アレルギーにも関与するぞい。

59: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:04:10.147 ID:nz11AgTA0.net
NDM-1
no title

抗菌薬を分解してしまう酵素。
こいつはかなり強力な部類のカルバペネム系抗菌薬をも無効化することができる。
こいつを出す細菌は結構やばい。
亜鉛をタンパク質の中に内包してるのでメタロベータラクタマーゼという分類。
この亜鉛をキレート剤かなんかで取っちゃえばNDM-1は無効化できるぞい。

61: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:10:59.291 ID:nz11AgTA0.net
レクチン
no title

リン脂質の一種。
細胞膜を構成するリン脂質とはこれのことよ。
まぁ他にもあるんだけど。
細胞膜ってのは電離してないのは通すけど電離しているのは通さないという性質がある。
その選択性は細胞膜を構成するリン脂質によるものなのよね。
流動モザイクモデルとかの図で二股になってるのがこれな。

62: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:15:02.779 ID:nz11AgTA0.net
メタンフェタミン
no title

ヒロポンとか覚醒剤だとか言われるブツ。
アドレナリンに似てる。
でもアドレナリンを注射しても気持ちよくならないのはアドレナリンは脳にいかないから。
脳には関所があって、メタンフェタミンはこの関所を通ってしまう。
そうすると気持ちいいらしいが、薬はだめよ。

63: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:23:56.051 ID:nz11AgTA0.net
フタロシアニンブルー
no title

銅が真ん中にはまり込んでいる、青い塗料の分子。
道路標識のあの青いやつはこれ。

64: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:33:12.089 ID:nz11AgTA0.net
ヘモグロビン
no title

画像中央に見えるなんかカッコイイエンブレムみたいなやつはヘム。
つまり鉄原子がはめ込んである。
みなさんご存知のように赤血球がもってて酸素を体に届けるのはこのヘモグロビンの仕事よ。
酸素飽和度ってのはこのヘモグロビンのうち酸素と結合してるヘモグロビンの割合のことな。
高山病は80%切るとなってくるぞい。

65: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:36:30.952 ID:nz11AgTA0.net
フェノールフタレイン
no title

理科の実験で溶液が塩基性だとピンクになるやつな。
大学入試とかだとこれの中和滴定の問題とかでるな。
アンモニアとを使って赤い噴水の実験とか高校とかでやるらしいけど元文系だからやったことねーわ羨ましい。

66: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:40:17.452 ID:nz11AgTA0.net
ロキソプロフェン(ナトリウム)
no title

ロキソニン、痛み止めだな。
非ステロイド性抗炎症薬だな。
これ自体は薬理作用がないんだが、肝臓で代謝されると薬理作用を発揮するというプロドラッグってやつだな。
こういうのは副作用が少ないんだ。

67: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:48:16.619 ID:nz11AgTA0.net
GFP
no title

no title

緑色蛍光タンパク質ってやつだな。
下村先生がノベール賞とったやつね。
オワンクラゲっていうクラゲから見つかったタンパク質で、こいつに紫外線を当てると緑色に光る。
これでわー綺麗で終わりそうなものだが生物学上かなり重要。
見たい微細なものにこのGFPをくっつけてやればそれがどこへ移動したかが紫外線を当ててやるだけで一目でわかるすぐれもの。
それ以外にも色々と応用方法があるのよ。

68: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:50:24.710 ID:nz11AgTA0.net
完全に独壇場になってきた。
もっと人がいそうな時間帯にやったほうがいいな。


・・・漫画読んで寝ることにします。
またのん。

69: 以下、\(^o^)/でVIPがお送りします 2015/09/09(水) 04:52:31.179 ID:mgBZ4gn3a.net

暇なので分子モデルを延々とあげてく。解説もあるよ!(前回)
http://world-fusigi.net/archives/8137635.html

引用元: 暇なので分子をだらだらあげてく



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【第2回】暇なので分子モデルを淡々とあげてく。解説もあるよ!

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コメント

1  不思議な名無しさん :2015年09月10日 17:25 ID:ELCA.1bX0*
fold it
2  不思議な名無しさん :2015年09月10日 18:15 ID:6vsNoeLs0*
ルシフェリンとルシフェル(ルシファー)は語源が一緒
3  不思議な名無しさん :2015年09月10日 18:18 ID:6vsNoeLs0*
シクロパラフェニレンはかわいいと思う。
4  不思議な名無しさん :2015年09月10日 18:43 ID:O43qiv0k0*
なるほどね。1%も理解できないぜw
5  不思議な名無しさん :2015年09月10日 18:54 ID:kC6lorEc0*
うーんなかなかおもすれーw
6  不思議な名無しさん :2015年09月10日 21:21 ID:z6Az6RmS0*
元文系かよ。すごいな。
7  不思議な名無しさん :2015年09月13日 01:43 ID:KPeDEVML0*
なにこれすげー面白い!!!
ナノプシャン覚えたww

 
 
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